W trakcie wykonywania łoża dla implantu oraz jego zakładania może dojść do złamania np. kości żuchwy, która zanikła w wyniku usunięcia podpierającego ją zęba i stała się przez to delikatniejsza. W takim wypadku może okazać się konieczne zastosowanie na kilka tygodni wyciągu unieruchamiającego odłamy.
Kolejnym powikłaniem zabiegu jest brak integracji implantu z kością. Jest kilka czynników mogących prowadzić do takiego stanu. Pierwszym i najważniejszym jest „biologia organizmu”. Oznacza to, że w niektórych miejscach u niektórych pacjentów może nie wystąpić integracja (zdarza się sytuacja, gdy pacjent ma wszczepiane kilka implantów, a tylko jeden z nich się nie integruje).
Może się też okazać, że w danym miejscu występuje niedostateczna ilość kości lub jej jakość utrudnia proces gojenia. Kolejnym czynnikiem uniemożliwiającym osteointegrację (czyli wgajanie się implantu w kość) może być zbyt wczesne obciążenie wszczepu (tzn. zbyt wczesne, w stosunku do czasu wszczepienia implantu, wykonanie korony, mostu lub protezy), brak stabilizacji pierwotnej wszczepu (czyli na przykład przygotowanie zbyt dużego otworu na wszczep; może to wynikać z niskiej jakości i małej ilości kości lub „wywiercenia” za dużego łoża – sytuacja raczej rzadko spotykana ze względu na stosowanie wierteł idealnie dostosowanych do rozmiarów implantów) lub nieprawidłowa technika zabiegu (zastosowanie niedostatecznego chłodzenia wodnego lub ustawienie „wiertarki” na zbyt wysokie obroty).
Przez kilka dni po zabiegu najczęściej utrzymuje się ból, który należy traktować jako naturalną konsekwencję wykonanego zabiegu. Mogą również występować podbiegnięcia krwawe (czyli siniaki) oraz obrzęk.